Der Stiftungsrat beschließt über alle grundsätzlichen Angelegenheiten der Stiftung. Er entscheidet über die Vergabegrundsätze für die Gewährung von Stiftungsleistungen, die Berufung der Mitglieder des Vergabeausschusses, den jährlichen Wirtschaftsplan und Jahresabschluss sowie über Anträge auf Änderung der Stiftungssatzung. Weiterhin überwacht er die Erfüllung der Aufgaben der Stiftung, insbesondere die Vergabe von Stiftungsleistungen.
Der Stiftungsrat der Thüringer Stiftung HandinHand besteht aus:
| Heike Werner – Vorsitzende des Stiftungsrat, Thüringer Ministerin für Arbeit, Soziales, Gesundheit, Frauen und Familie (TMASGFF) |
| Gabi Ohler – Beauftragte der Thüringer Landesregierung für die Gleichstellung von Frau und Mann, stellvertretende Vorsitzende des Stiftungsrates |
| Martina Reinhardt – Abteilungsleiterin im Thüringer Ministerium für Bildung, Jungend und Sport und Leiterin des Landesjugendamtes |
| Elke Lieback – Geschäftsführerin des pro familia Landesverbandes Thüringen |
| Sonja Tragboth – Referentin für Kinder- und Jugendhilfe im Landesverband der Arbeiterwohlfahrt Thüringen e. V. |
| Cordula Eger – Mitglied des Landtages, Fraktion DIE LINKE |
| Monika Niessner – Abteilungsleiterin des JRK Thüringen im DRK Landesverband |
| Regine Kanis – Mitglied auf Vorschlag der SPD-Fraktion |
| Johannes Döring – Landesgeschäftsführer des Familienbundes der Katholiken im Bistum Erfurt und im Freistaat Thüringen |
| Axel Heuchert – Referent im Thüringer Finanzministerium |